Die Pfarre wurde um die Mitte des 11. Jahrhunderts gegründet. Eggendorf im Thale ist eine Katastralgemeinde der Stadtgemeinde Hollabrunn. Die Pfarre ist dem Schottenstift inkorporiert und besteht aus den Orten

- Altenmarkt im Thale (Kapelle Maria Königin)

- Eggendorf im Thale (Pfarrkirche St. Afra )

- Kleinstetteldorf (Kapelle Hl. Rosalia) und

- Weyerburg (Filialkirche Hl. Kunigunde und Schlosskapelle Hl. Theresia von Lisieux).

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Der älteste Teil der Pfarrkirche stammt aus dem 14. Jahrhundert. Der Um- und Neubau der Kirche erfolgte im Jahre 1899. In der Pfarrgemeinde leben 412 Gläubige.